João Guerra é licenciado em Medicina pela Universidade de Coimbra (1992 - 1998). 

É Assistente Hospitalar Graduado de Pedopsiquiatria e Diretor do Serviço de Psiquiatria de Adolescência do Hospital de Magalhães Lemos, ULS de Santo António. 

A sua atividade formativa passou pela Pós-Graduação em Psicoterapia Psicodinâmica da Criança e do Adolescente, a Pós-Graduação em Psicoterapia Cognitiva Narrativa, a formação em Terapia familiar/Intervenção sistémica, o Curso de treino parental "Incredible Years Program" e "Incredible Babies Program",  o programa "Mais família, Mais jovem", o modelo Early Start Denver Model e o PEERS Program for the Education and Enrichment of Relational Skills. É também Diretor Certificado de Psicodrama Moreniano.  

Desde 2021 é Docente Convidado na Unidade Curricular de Psiquiatria no Mestrado Integrado em Medicina do Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar (ICBAS). Atualmente, é também Professor Convidado de Psicofarmacologia no Mestrado em Psicologia da Faculdade de Educação e Psicologia da Universidade Católica Portuguesa.
 
É membro da Associação Portuguesa de Psiquiatria da Infância e da Adolescência, da Sociedade Portuguesa de Terapia Familiar, da Sociedade Portuguesa de Psicodrama, e da Sociedade Portuguesa de Défice de Atenção.